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琼脂糖电泳中核酸染料Genefinder的最佳使用方法建立

[导读]溴化乙锭 (EB) 曾是琼脂糖凝胶电泳中最为常用的核酸染料, 被广泛应用于观察、检测DNA/RNA。但作为一种强诱变剂, EB可插入核酸相邻碱基平面之间, 引起基因突变, 具有中等毒性, 对人体有潜在的危害性。Genefinder是一种新型核酸染料, , 毒性低, 使用安全, 可以代替EB。

胶染法:配制1.5%的琼脂糖溶液, 加热溶解, 冷却至60℃左右, 按比例加入10 000×Genefinder染料, 使染料在胶中的终浓度为1× (即如果制备50 mL凝胶, 加入5μL的10 000×Genefinder染料) , 然后倒胶。待凝胶液冷却凝固后, 加入DL2000核酸标准物及PCR产物进行电泳。使用5 V/cm的电压进行电泳, 最后用621蓝盾可见光透射仪进行观察拍照。

预染样品法:按照常规方法配制1.5%琼脂糖凝胶, 制胶过程中不加入Genefinder染料。配制loading buffer预染液:将10 000×Genefinder染料和6×loading buffer按照1∶9的比例混合 (如5μL染料和45μL的6×loading buffer混合) 。将需要进行电泳检测的PCR产物及DL2000核酸标准物与配置好的loading buffer预染液按照5∶1混合, 室温静置3min后进行1.5%琼脂糖凝胶电泳, 电压5V/cm, 电泳结果用621蓝盾可见光透射仪进行观察拍照。

胶染法+预染样品法:配制1.5%的琼脂糖溶液, 加热溶解, 冷却至60℃左右, 按比例加入10 000×Genefinder染料, 使染料在胶中的终浓度为1×Genefinder染料, 然后倒胶。将需要进行电泳检测的PCR产物及DL2000核酸标准物与配置好的loading buffer预染液按照5∶1混合, 室温静置3min后进行1.5%琼脂糖凝胶电泳, 电压5V/cm, 电泳结果用621蓝盾可见光透射仪进行观察拍照。

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