(1)实验室超纯水机保养的关键环节是“连续开机”和“膜清洗”，仪器故障也常由于忽视这两项操作引发。一旦超纯水机通电使用则必须保证即便在不产水时仍通电处于预操作(pre operate)状态，不可关闭主机开关或拔掉电源，即全年365 d开机。仪器设有每隔30 min再自内循环程序，其目的是保持“流水不腐”，避免纯水管路和纯水柱滋生细菌。如当日不需要制作纯水，同样需要制作5L达到理想纯度(18.0MQ)的超纯水，以冲洗纯水柱体系。节假日关机中断自循环功能，是产水纯度降低或超纯水机“故障”的主要原因。
(2)每隔3个月进行一次清洗程序。如果配置了UF组件，仪器一般设置有定期冲洗程序，需要在下班时或节假日将供水容器装满足够量的源水。如果与RO纯水机联用，要定期清洗RO膜，通常应每月清洗1次。由于随使用时间延长，累积在RO膜表面的离子或有机物浓度增高而产生浓差极化、沉淀导致膜阻塞损害.