变性梯度凝胶电泳(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis),即DGGE,是目前国内外研究生物多样性所使用的最为广泛的技术,它利用不同DNA片段解链特性和梯度变性胶的特性,在聚丙烯酰胺凝胶电泳时将不同DNA片段分离开来,可检测只有一个碱基差异的DNA片段。DGGE技术最早在医学上用于检测基因突变,近年来PCR-DGGE逐渐开始向研究各种环境的微生态系统延伸。不同样品对DGGE结果的影响：将PCR产物与经胶回收处理的16S r DNA的PCR扩增产物各取2.5 μL并与等量的中性上样液混合均匀,经DGGE电泳检测。可以看出,未经胶回收处理的样品出现DGGE条带堆积,条带模糊不清,并出现严重拖尾;相反,经回收处理的样品DGGE条带较清晰,分离程度较好,电泳效果明显优于未经回收处理的样品,因此采用经胶回收处理后的PCR扩增产物作为样品进行后续试验。不同电泳时间对DGGE结果的影响：间隔一定时间再现DGGE的分离过程。将2.5 μL同一样品与等量中性上样液混合,每次点样间隔30 min,进行DGGE电泳检测。电泳时间约为210 min时DGGE电泳的分离效果较好,条带分散效果最明显;180 min和150 min时分离效果较差,条带托尾情况较严重,因此采用200~220 min作为电泳时间进行后续试验。